ValikkorakenneValikkorakenneListasta voi valita jonkin nimistä, jolloin ohjelma joko näyttää valitun dokumentin, tai hakee uuden valikon palvelimesta ja tuo sen näytölle. Aivan kuten Webissä, myös gopherissa valikot ja dokumentit voivat sijaita missä tahansa palvelimessa ympäri verkostoa. Asiakasohjelma hoitelee yhteyden avaamisen ja tietojen siirtämisen ilman että käyttäjä edes tietää hakevansa tietoa muualta kuin omalta koneeltaan. Sisäkkäisistä valikoista muodostuukin puurakenne, jonka oksat haarautuvat ympäri Internetin.
Tekstin lisäksi dokumentit voivat olla myös linkkejä kuviin, ääniin, erilaisiin tiedostoihin, tietokantakyselyihin tai palveluihin. Jos asiakasohjelmaa ajetaan koneella, joka ei pysty näyttämään käyttäjälle valittua dokumenttia (esimerkiksi kuvaa tekstipohjaisella päätteellä), ohjelma yksinkertaisesti kertoo, että kyseistä toimintoa ei voi toteuttaa senhetkisellä laitteistolla.
